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서울행정법원/사진=뉴시스삼성바이오로직스가 고의로 회계기준을 누락했다는 이유로 금융당국이 내린 행정처분이 법원에서 뒤집혔다.이 사건은 이재용 삼성전자 회장의 '경영권 불법승계' 수사를 촉발한 계기가 되기도 했는데 소송 제기 후 6년 만에 판결이 내려졌다. 
서울행정법원 행정3부(부장판사 최수진)는 14일 삼성바이오로직스와 김태한 전 대표이사가 금융위원회와 증권선물위원회(증선위)를 상대로 낸 시정요구 등 취소청구 소송에서 원고 승소 판결했다.김 전 대표에 대한 과징금 1600만원과 바이오로직스에 내려진 과징금 80억원은 모두 취소됐다.
재판부는 증선위의 처분 사유 중 일부를 인정하지 않았다.먼저 지분법 회계처리를 할 부분을 연결 회계 처리했다는 내용인 '연결 대상 범위 관련 회계처리 오류'에 대한 처분 이유가 인정되지 않았다.
재판부는 "원고가 제2기부터 제4기까지 삼성바이오에피스를 단독 지배했다고 봐 에피스를 종속기업으로 연결재무제표를 작성한 것은 원칙중심 회계기준 아래에서 원고 로직스가 회계처리 할 수 있는 재량권의 범위 내에 있다"고 봤다.또 "증선위가 제출한 증거론 회계 처리기준 위반이라고 단정하기 어렵다"고 밝혔다.
에피스의 투자주식을 임의평가 해 관련 자산과 자기자본을 과대 계상한 부분인 처분 사유는 타당하다고 봤다.
재판부는 "2015년 12월 지배력 상실 회계처리를 합리화하기 위해 근거자료를 임의로 만들어내기까지 했다"며 "자본잠식 등의 문제를 회피하는 것을 주된 목적으로 해 특정한 결론을 정해 놓고 이를 사후에 합리화하기 위해 회계처리를 하는 것은 원칙중심 회계기준 아래에서 원고 로직스에 주어진 재량권을 남용한 것"이라고 봤다.
이에 따라 증권신고서에 거짓 신고된 부분이 있다는 처분 사유도 일부 인정됐다.다만 재판부는 "처분 경위 등을 고려하면 사실상 일체의 처분으로 이뤄졌으며 서로 불가분적 일부를 이룬다"며 처분 전부를 뒤집었다.처분 사유 일부가 없어진 것에 대해 그 기초가 되는 사실을 일부 오인한 점에서 "(행정 처분의) 재량권을 일탈·남용한 것"이라고 판단했다.
앞서 금융감독원은 2011년부터 적자이던 바이오로직스가 상장 직전인 2015년 자회사 회계 처리 기준을 변경하며 갑자기 1조9000억원의 흑자를 기록하는 과정에 고의적인 분식회계가 있었다고 판단해 중징계를 의결했다.
바이오로직스가 2012년 미국 바이오젠과 합작해 설립한 삼성바이오에피스를 종속회사에서 관계회사로 전환하는 과정에서 문제가 있다고 봤다.기존 연결 회계 처리를 지분법 회계처리로 변경해 에피스 투자주식을 재평가하는 수법으로 4조5000억원 상당의 자산을 과다 계상했다고 본 것이다.금감원에서 사건을 넘겨받은 증선위 역시 분식회계로 판단했다.증선위는 삼성바이오로직스에 대표이사 해임을 권고하고 과징금 80억원을 부과했다.
이에 반발한 바이오로직스는 행정소송을 제기했다.당시 본안 사건의 판결이 나올 때까지 처분의 효력을 멈춰달라는 집행정지도 함께 신청했는데 이는 법원에서 인용됐다.행정소송은 재판부의 문서제출명령에 대한 항고와 재항고 절차로 심리가 계속 지연되다가 지난 2월 이재용 회장이 관련 형사재판 1심에서 무죄를 선고받으며 재판이 재개됐다.
