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강 후보자는 1995년 석사 학위 논문에서 '5·18 민주화운동'을 '광주사태'로,귀신 로또전두환 신군부의 군사 쿠데타를 '12·12 거사'로 표현했다.이러한 표현이 논란이 되자 강 후보자는 "대학원생 시절 큰 성찰 없이 작성했던 표현으로 가슴을 아프게 한 분들께 진심으로 사과드린다"라고 말했다.그는 또한 "5·18민주화운동이 얼마나 가슴 아픈 사건이고 대한민국 자유민주주의 초석을 놓는 숭고한 사건인지 알고 있다"라고 강조했다.
논문의 표절 문제에 대해서도 언급했다.강 후보자는 "인용 표기를 다 넣었어야 하는 아쉬움이 있다"라고 답변했다.그는 "당시 자료가 없어 국회도서관에서 신문 자료를 뒤지며 논문을 작성했다"라며 "그 과정에서 실수가 있었다"라고 해명했다.강 후보자 측은 논문의 표절률이 4% 수준이라고 주장하며 "표절률이 10% 이내면 양호한 수준이라고 들었다"라고 덧붙였다.
이번 인사청문회는 강 후보자의 국세청장으로서 자질을 검증하는 자리였다.논문 논란에 대한 사과와 해명은 후보자의 청문회 과정에서 중요한 이슈로 부각됐다.